《条例》要求，清江流域县级以上人民政府科学划定本行政区域畜禽养殖禁养区、限养区;规范塑料废弃物的回收利用，有序禁止、限制部分塑料品的生产、销售和使用;完善废旧农用薄膜以及化肥、农药包装废弃物等回收处理制度，开展生活垃圾分类收集、分类处理。另外，《条例》禁止企业或个人在清江流域内生产、销售和使用含磷的洗衣粉、洗涤剂、清洁剂等洗涤用品。
在保障河流生态流量以及控制水电站建设方面，《条例》要求政府相关部门要建立生态流量监控平台，对流域内水电站生态流量泄放情况实时监控，水电站要配套建设生态流量泄放设施，合理安排闸坝泄洪量;清江流域要求控制新建水电站，禁止新建装机5千万瓦以下的小水电站。对于已建的水电站要进行生态环境影响评估，不符合国家和省有关规定的，责令限期整改或者退出，同步开展生态修复。
《条例》还对清江流域渔业资源增殖放流，建设洄游通道等作出规定，要求清江流域各级人民政府加强对外来水生物种的预警监测，禁止使用外来物种、杂交物种、转基因物种或者其他非本地原有物种进行增殖放流。
