自然保护地体系建设要充分体现“中国特色”。中国特色的一个重要方面是党的集中统一领导和社会主义制度。将生态文明建设作为国家战略、将自然保护地体系建设纳入生态文明体制改革，是我们与其他国家所不同的，也正是我们的优势所在。
中国特色的另一个重要方面是人口、资源、环境之间的巨大压力。尽管现有自然保护地数量众多、分类不同、保护对象各异，但一个重要特征是既是生态功能区，也是经济相对落后区，还往往是民族文化丰富区，肩负着生态保护、经济发展、文化传承三重任务。在这样的地区，传统文化和农业文化遗产在自然保护中的特殊作用，需要重点考虑。比如：陕西洋县的朱鹮国家级自然保护区，通过水稻有机生产达到对朱鹮有效保护说明了传统农业生产对于野生动物保护的重要意义;作为世界文化遗产、全球重要农业文化遗产、国家级文物保护单位、国家湿地公园等多重身份的云南红河哈尼梯田，其保护与发展实践表明，加以本土化、多元化设计的生态保护效果将更加突出。
自然保护地体系建设要坚持“以国家公园为主体”。《指导意见》按照自然生态系统原真性、整体性、系统性及其内在规律，依据管理目标与效能并借鉴国际经验，明确将国家公园列为第一类;同时，确立国家公园在维护国家生态安全关键区域中的首要地位，确保国家公园在保护最珍贵、最重要生物多样性集中分布区中的主导地位，确定国家公园保护价值和生态功能在全国自然保护地体系中的主体地位。
关于目前正在进行体制改革试点的“国家公园”与国际上的“国家公园”，以及以往在我国一些地方出现的“国家公园”之间的关系，国家层面的论述已经很明确：建设国家公园无先例可循;国家公园没有一个法定的定义，也没有一个国际的认证体系;每个国家都有自己的现实情况，我们只能按照中国的实际情况走自己的国家公园建设道路;建立国家公园体制是一项复杂的系统工程，是一项具有开创性的全新工作。
显然，这与一些国际组织和不同国家对“国家公园”理解有很大差别。比如：“世界自然保护联盟(IUCN)将国家公园列为第二类保护地，与我国“实施最严格保护”的理念不同。一些专家在论及“国家公园”建设中往往从“旅游景区建设”角度出发，一些地方热衷于国家公园申报的核心动因是自然生态保护还是通过提高知名度推动旅游发展也值得怀疑，可以看出已经出现了较为明显的“过度公园化”。这些既是我们要吸取的经验与教训，也是我们要体现“中国特色”必须做好的功课。
风正时济，自当破浪扬帆;任重道远，还需策马扬鞭。对于正在进行的国家公园体制改革试点和自然保护地体系建设而言，《指导意见》的出台恰逢其时。然而，建成中国特色的以国家公园为主体的自然保护地体系，还需要牢牢把握“中国特色”和“以国家公园为主体”这两个前置词，瞄准痛点难点问题，发扬改革创新精神，继续大胆探索实践。
