一、蜂种不同
土蜂蜜和意蜂蜜是用不同的蜂种酿制而成的。其中土蜂蜜是用土蜂采集花蜜酿制而成的，土蜂实际上是我国分布非常广泛的中蜂，对我国的自然环境有很强的适应能力；而意蜂蜜是用意蜂采集花蜜酿制而成的，意蜂是上世纪引进我国的优良蜂种，具有采集能力强、生产性能高的优点。
二、蜜源不同
土蜂蜜和意蜂蜜在蜜源上有明显的区别。其中土蜂蜜对蜜源没有很高的要求，只要在采集范围内不管是大蜜源还是零星蜜源都没关系，因此土蜂蜜的蜜源非常复杂且多变；意蜂只对大宗蜜源有采集欲望，比较适合用于生产高纯度的单花蜜。
三、产量不同
土蜂蜜和意蜂蜜在产量上的差异非常明显。其中土蜂对大宗蜂蜜源的采集力不如意蜂好，加之其特性也适合定点养殖，因此在产量上要比意蜂蜜低得多，一般每年的产量在5~15斤左右；而意蜂蜜产量则是以百为单位。
四、价格不同
土蜂蜜和意蜂蜜在价格上有很大差异。其中土蜂蜜因产量不足，多为自然成熟蜜而价格稍高；意蜂蜜产量高且能生产“水蜜”而相对便宜。如果土蜂蜜走精品高端路线的话，意蜂蜜基本上就是以产量来取胜，也就是说实际上意蜂蜜才是真正意义上的商品蜜。
