一、外观不同
蜜蜂窝是蜜蜂育幼虫和储存蜂蜜的地方，野生蜂群一般在秘密的洞穴和树洞中建造巢穴，家养蜜蜂在蜂箱中筑巢，整个蜂巢由多个垂直于地表的巢脾构成，马蜂窝根据马蜂的种类外观不同，小型马蜂窝看起来像向日葵，大型马蜂窝的巢穴规模比较庞大，外观像球体，蜂巢就被包裹在球体中。
二、材质不同
蜜蜂窝是由蜂群内适龄工蜂腹部蜡腺分泌的蜜蜡制成的，融化蜜蜂窝后可以得到蜜蜡，奇怪的是蜜蜂群中的蜜蜂只能在10~20天龄之间分泌蜜蜡，之前或之后都不能分泌蜜蜡，马蜂多用浸软的像纸浆一样柔软的木浆做巢，马蜂中的工蜂在咀嚼吞下干燥的植物材料后又将其回吐出来并和唾液混合用以构成纸样的巢。
三、结构不同
蜜蜂窝由几张呈片状与地面垂直构成，巢脾数量因蜂种和群形势而异，例如群势强的中蜂一般为7~8片，但每张巢脾之间有一定的距离，从而形成了看起来分散但密切相关的蜂巢，马蜂窝结构因蜂种而异，小型马蜂的巢结构比较简单，大型马蜂的巢为多层结构，外部有巢壳包裹，巢门开在下部。
四、巢址不同
蜜蜂对巢址的要求非常高，不仅要求冬暖夏凉，还要求周围蜜源丰富，可以抵抗天敌的危害，所以一般在隐秘的土洞、岩洞和树洞中筑巢，马蜂根据种类的不同筑巢习性也不同，小型蜜蜂多在石缝、灌木丛、屋檐下等比较秘密的地方筑巢，大型马蜂有些在高大的树枝上筑巢，有些在岩洞、树洞中筑巢，有些会掘土洞筑巢。
