一、容器选择
蜂巢蜜长期保存时不能使用金属容器，因为蜂巢蜜本身就是微酸性物质，长期使用金属容器保存蜂巢蜜容易产生氧化反应，影响质量和保质期，而且蜂巢蜜最好不要使用塑料容器长期保存，长期保存蜂巢蜜最好选择陶瓷容器或玻璃容器。
二、严防进水
蜂巢蜜在保存过程中最怕的就是水分了，因为蜂巢蜂蜜本身就是糖的过饱和溶液，渗透压力非常高，在高渗透压力下很多微生物都不能正常生存，但是混入水分容易因为微生物的大量繁殖而变质，特别是在采用的时候一定要确保勺子的干燥，其实很多蜂巢蜜变质都是因为采用带水的勺子。
三、密封保存
蜂巢蜜密封保存能大大延长保质期，因为密封能有效防止空气中的微生物进入蜂窝蜂蜜，同时蜂巢蜜具有较强的润泽性，容易吸收空气中的水分气中的水分而变质。另外，蜂巢蜜具有较强的吸附性，容易吸附空气中的其他气味，引起串味。例如，蜂巢蜜长期与大蒜一起保存的话，蜂巢蜜会有很强的大蒜味道。
四、取用正确
取蜂巢蜜时，必须确保勺子的清洁。勺子附着的东西污染蜂巢蜜的可能性很高。另外，取蜂巢蜜时，必须使用干燥的勺子。用带水的勺子取蜂巢蜜会加快变质速度（原因前面已经说过了）。另外，取用完成后，必须立即密封容器。因为长时间打开保存也容易使蜂巢蜜变质。
