一、定义存在区别
土蜂蜜对很多人来说可能认为是农村养殖的蜜蜂生产的蜂蜜，但实际上土蜂蜜和平时所说的土鸡、土鸭等有很大的不同。土蜂蜜这三个字中重点不是“土”而是“土蜂”，简而言之，土蜂蜜是指土蜂（中蜂）酿造的蜂蜜，而普通蜂蜜一般是意蜂（我国引进的蜂种）生产的（目前市场上大多数蜂蜜都是意蜂酿制的）。
二、酿制蜂种不同
土蜂蜜是中华蜜蜂酿制而成，中华蜜蜂（中蜂、土蜂）是我国特有的蜂种，优点适应性非常强，善于利用零星蜜源，缺点是蜂蜜产量相对较大；而普通蜂蜜是意大利蜜蜂酿制而成，意大利蜜蜂（意蜂）是我国引进的优良蜂种，优点是繁殖速度快，蜂蜜产量非常高，缺点是对我国自然环境的适应性不及中华蜜蜂。
三、蜜源多寡不同
土蜂蜜是由中蜂收集各种花蜜酿造的，事实上中蜂对蜂蜜的来源并不像意蜂那样挑剔，外界有什么蜜源就采什么花蜜，即使是山野田间的零星小花也采集；而意蜂则只对大宗蜜源感兴趣，基本上不采集或很少采集零星蜜源。值得注意的是意蜂对蜂巢的定位能力非常强，所以可以移动蜂群跟随蜜源的脚步“追花逐蜜”。
四、成熟度有差异
土蜂蜜一般多为成熟蜜（封盖蜜），因为中蜂的产量相对较低（一般一箱一年的产量在5~15斤左右），在取蜜时基本上都是完全酿造成熟的封盖蜜，而意蜂的产量非常高（一两天就能生产一箱蜂蜜），为了不错过花期还没有酿造成熟的蜂蜜（完全成熟要酿制7天左右）也会被取出来，然后经过高温浓缩成为普通蜂蜜。
五、营养成分不同
土蜂蜜和普通蜂蜜在营养成分上也有很大差异。因为土蜂蜜的蜜源种类非常多，无论是大宗蜜源、辅助蜜源还是零星蜜源土蜂蜜中都有，而普通的蜂蜜一般是意蜂采集单一蜜源为主酿制而成的，所以土蜂蜜的营养相对全面，更重要的是普通的蜂蜜经过高温浓缩，已经不含蜂蜜最富营养的酶类成分。
