一、科属区别
1、草鱼：草鱼是动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、辐鳍鱼纲、新鳍亚纲、鲤鱼目、鲤亚目、鲤科、雅罗鱼亚科、草鱼属于淡水鱼类。
2、鲤鱼：鲤鱼是动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门、硬骨鱼纲、辐鳍亚纲、鲤形目、鲤亚目、鲤科、鲤鱼属淡水鱼类。
二、形态差异
1、草鱼：草鱼呈圆筒形，头部稍平，尾部侧平，口弧形，无须，上颌略长于下颌，吻非常短，体浅茶黄色，背部青灰，腹部灰白，胸、腹鳍有点灰黄，其他各鳍浅灰色，体长，腹部无棱，头部平扁，背鳍和臀鳍均无硬刺，背鳍和腹鳍相对。
2、鲤鱼：鲤鱼身体侧平腹圆，口呈马蹄形，须2对，鳞有十字纹，死后鳞不反白，有从头到尾的胁鳞一道，不论鱼的大小都有36鳞，每鳞上都有黑点，背鳍基部长，背鳍和臀鳍都有一根粗带锯齿的硬棘，身体侧金黄色，尾鳍下叶橙红色。
三、食性区别
1、草鱼：草鱼是典型的草食性鱼类，鱼苗阶段摄食浮游动物，幼鱼期兼食昆虫、蚯蚓、藻类和浮萍等，体长约10厘米以上时完全摄食水生高等植物，其中禾本科植物多。
2、鲤鱼：鲤鱼属于底栖杂食性鱼类，肉菜兼食，食谱广泛，如软体动物、高等水生植物碎片、底栖动物、细藻类或人工合成饵料都吃，自然条件下食物偏向动物性食物。
四、习性区别
1、草鱼：草鱼生活在河流、湖泊等水域中、下层和近岸的多水草区域，具有河流和湖泊的洄游习惯性，性成熟的个体在河流、水库等流水中产卵，产卵后的亲鱼和幼鱼进入支流和通过河流和湖泊，通常在被水淹没的浅滩草域和泛水区域及干支附属水体（湖、小河、港道等水草丛生地带）摄食育肥。
2、鲤鱼：鲤鱼是底栖鱼类，多单独或小群生活在平静、水草丛生的泥底的池塘、湖泊、河流中，鲤鱼的活动区域不变。季节的变化、水温的冷温、风向、气压的高低、朔望更替、水质的清浊、水流的大小、水位的涨落、水体溶氧环境等都会随时改变其活动区域。
五、觅食区别
1、草鱼：草鱼适应能力强，可在0~38℃的温度范围内生存，但要求水质清瘦，食欲与水温和水质有关，水温在25~30℃时摄食量最大，日摄食量达到体重的40%，水温在20度以下时摄食量明显下降，水温在5度以下时停止摄食。
2、鲤鱼：鲤鱼是低等变温动物，不需要消耗能量来维持恒定体温，摄食总量不大，同时因属于无胃鱼种，肠道短，新陈代谢速度快，所以少吃勤食，鲤鱼的消化功能与水温有很大关系，20℃左右食欲最旺盛，水温低于10℃活动量大大下降，水温低于2℃时基本不觅食。
