一、科属区别
1、凤尾蕨
凤尾蕨为植物界、蕨类植物门、蕨纲、薄囊蕨亚纲、真蕨目、凤尾蕨科、凤尾蕨属植物。
2、黑木蕨
黑木蕨为植物界、蕨类植物门、真蕨亚门、薄囊蕨纲、水龙骨目、实蕨科、实蕨属植物。
二、习性区别
1、凤尾蕨
凤尾蕨喜温暖、湿润、阴暗环境，忌涝，要求荫蔽、空气湿润、土壤透水良好，较耐寒。生长于石灰岩地区的岩隙间或林下灌丛中，生长适温为10℃-26℃，越冬温度可低至0℃-5℃。
2、黑木蕨
黑木蕨喜好偏酸性软水的水质环境，在人工养殖环境中一般完全沉水养殖用于水族造景，也可以在高温高湿的环境中陆生栽培，是一种带着美丽的透明绿色叶片的蕨类水草，水中叶长一般为20-30厘米。
三、形态区别
1、凤尾蕨
植株高度50-70厘米，根状茎短而直立或斜升，粗约1厘米，先端被黑褐色鳞片。叶边仅有矮小锯齿，顶生三叉羽片的基部常下延于叶轴，其下一对也多少下延。叶边仅有矮小锯齿，顶生三叉羽片的基部常下延于叶轴，其下一对也多少下延。叶干后纸质，绿色或灰绿色，无毛。叶轴禾秆色，表面平滑。
2、黑木蕨
黑木蕨茎较细，叶齿较少、较圆润，叶面不平整，透明度较高，较薄，根3毫米左右。具有互生性的叶部，叶片全裂呈羽毛状，色泽呈暗绿色。不论水上叶或水中叶只要有足够的光线，叶片就会直立生长。黑木蕨适宜种植在沉木、岩石上，可以生长出群生状的根茎或侧根。
四、用途区别
1、凤尾蕨
凤尾蕨称为“蕨菜”，嫩叶可食用，盆栽可点缀书桌、茶几、窗台和阳台，用于客厅、书房、卧室做悬挂式或镶挂式布置亦可。全草都可以供药用，具清热利湿、凉血解毒、止泻、强筋活络等功效。
2、黑木蕨
黑木蕨根茎长着互生的羽状叶，绿色，普通为全裂或深裂叶，根茎并长出黑褐色的根。水中化之后，植物体会小型化，新长出的水中叶变成半透明的黄绿色，草姿优雅，受到部分养殖者的喜爱。
