一、科属不同
1、薄荷：薄荷为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、合瓣花亚纲、管状花目、唇形科、野芝麻亚科、塔花族、薄荷属多年生草本植物。
2、藿香：藿香为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、合瓣花亚纲、管状花目、唇形科、野芝麻亚科、荆芥族、藿香属多年生草本植物。
二、茎叶区别
1、薄荷：茎直立，高30-60厘米，下部数节具纤细的须根和水平匍匐根状茎，锐四稜形，具四槽，上部被倒向微柔毛，下部仅沿稜上被微柔毛，多分枝，叶片长圆状披针形，长3-5厘米，宽0.8-3厘米，先端锐尖，基部楔形至近圆形，叶柄长2-10毫米，腹凹背凸，被微柔毛。
2、藿香：茎直立，高50-150米，四棱形，粗达7-8毫米，上部被极短的细毛，下部无毛，在上部具能育的分枝，叶心状卵形至长圆状披针形，长4.5-11厘米，宽3-6.5厘米，向上渐小，先端尾状长渐尖，叶柄长1.5-3.5厘米。
三、花果区别
1、薄荷：薄荷花小呈淡紫色，唇形，花后结暗紫棕色的小粒果，具小腺窝，花期7-9月，果期10月。
2、藿香：藿香花冠淡紫蓝色，长约8毫米，成熟小坚果卵状长圆形，长约1.8毫米，宽约1.1毫米，花期6-9月，果期9-11月。
四、功效不同
1、薄荷：薄荷味辛、性凉、归肺、肝经，有发散风热、清利咽喉、透疹解毒、疏肝解郁和止痒等功效，适用于感冒发热、头痛、咽喉肿痛、无汗、风火赤眼、风疹、皮肤发痒、疝痛、下痢及瘰疬等症，外用有轻微的止痛作用，用于神经痛等。
2、藿香：藿香味辛，性微温，归脾、胃、肺经，有化湿、解暑、止呕的功效，适用于湿阻中焦、脘腹胀闷、呕恶纳呆、暑湿、湿温、胃逆呕吐等症。
