一、消灭幼虫
及时消灭幼虫为预防巢虫最为有效的办法。蜡螟以藏匿在蜂箱中的幼虫越冬，越冬期也是蜂群的自然断子期。养蜂人可以抓住巢虫生命史上这个薄弱环节进行幼虫灭杀，可在越冬期对蜂箱和巢脾进行一次彻底的消毒，有条件的还可将其替换成已消毒杀菌的蜂箱和巢脾。
二、药物防治
1、可用巢虫清木片防治巢虫，对蜜蜂无副作用，其特点为使用简单、长期有效。将其悬挂在蜂箱中即可防治巢虫。
2、巢虫净为专门用于防治巢虫的药物，防治彻底、生效迅速。如果巢虫危害严重，可以使用巢虫净兑水喷洒进行防治。
3、二氧化硫或甲酸等对巢虫和蜡螟卵具有较强的杀伤力，巢虫高爆发期可以使用二氧化硫或甲酸来熏蒸防治巢虫。
三、清理蜂箱
维持蜂箱足够清洁是预防巢虫最基本的办法。蜡螟交尾后一般将卵产在蜂箱底部的蜡屑处，卵孵化成巢虫后再爬到巢脾上蛀食巢脾，即蜂箱中的蜡屑实际上是巢虫的滋生地，养蜂人应该及时清理蜂箱中堆积的蜡屑，特别应该注意蜡螟交尾高峰期需要时刻保持蜂箱内部干净。
四、饲养强群
饲养强群为消灭巢虫的有效办法，因为强群中的工蜂具备控制蜂巢中巢虫数量的能力，所以养蜂人应该想方设法将蜂群养成强群，可以在早春蜂群群势较弱时合并蜂群，从强群中抽调封盖子脾补充到弱群中增强群势亦可。
五、蜂多于脾
确保蜂多于脾是控制巢虫最为有效的办法，工蜂在感受到巢虫的威胁后就会清理巢虫。如果蜂多于脾，工蜂可以全面清理巢脾中藏匿的巢虫，如果蜂少脾多，工蜂因清理能力不足，最终导致巢虫对蜂巢的破坏越来越严重。养蜂人应该及时抽出多于的巢脾，确保蜂多于脾。
