一、定义不同
土蜂蜜是指土蜂（中蜂）采集多种蜜源植物酿制成的蜂蜜，而百花蜜是指包含两种或两种以上蜜源且任何一种蜜源都不占优势的蜜种，从定义上来看土蜂蜜实际上应该算是百花蜜中的一种，但为了区别中蜂酿制的百花蜜和意蜂酿制的百花蜜，人们往往用土蜂蜜来特指中蜂采集多种植物花蜜酿制的百花蜜。
二、蜂种不同
土蜂蜜是由中蜂（中华蜜蜂）酿造的，中蜂是中国本土的蜂种，善于利用零星蜜源，但对大蜜源的收集力不如意蜂，现在市场上的百花蜜大多是意蜂制成的，意蜂是我国引进的优良蜂种，对大宗蜜源有很强的收集力。
三、蜜源不同
土蜂蜜的蜜源种类非常复杂且多变，中蜂的采集对象非常广泛，擅长利用零星蜜源。也就是说，无论是大蜜源还是零星蜜源，只要在采集范围内就会采集，意蜂一般只对成片的大蜜源感兴趣，几乎没有像中蜂那样采集零星蜜源，所以中蜂制作的土蜂蜜和意蜂制作的百花蜜在蜜源的多少有很大的不同。
四、价格不同
土蜂蜜是目前市场上销售价格最高的蜜种，其价格高的原因主要有三个，一是土蜂蜜比普通蜂蜜更有营养价值，二是土蜂蜜一般都是中蜂完全酿制成熟的封盖蜜，三是土蜂蜜产量稀缺导致的物以稀为贵，而意蜂酿制的百花蜜在价格上要便宜得多，甚至可能还比不上某些质量较好且纯正的单花蜜。
