一、定义
蜂巢蜜是指连巢带蜜一起食用的蜂蜜，而土蜂蜜是指土蜂(中蜂)采集百花酿造的蜂蜜，所以定义上蜂巢蜜和土蜂蜜是完全不同的蜜种，二者一个是指蜜蜂(所有蜂种)完全酿造成熟的蜜脾，另一个是指中蜂(中华蜜蜂)完全酿造成熟的百花蜜。
二、蜜源
蜂巢蜜可以是任何单一的蜜源，也可以是由多蜜源组成的百花蜜，而土蜂蜜的蜜源非常复杂，几乎涵盖了中蜂收集范围内的所有蜜源。此外，土蜂蜜实际上没有固定的蜜源，也就是说当地有什么中锋就采什么，所以蜂巢蜜和土蜂蜜在蜜源上有明显的区别。
三、蜂种
蜂巢蜜没有固定的蜂种，也就是说所有采花酿造的蜂蜜都可以生产蜂巢蜜，其中特别是意蜂生产的蜂巢蜜是最普遍的，而土蜂蜜只能是土蜂(中蜂)生产，实际上中蜂也可以生产蜂巢蜜，只是因为土蜂蜜本身的价格高，产量低，所以很少会用来生产蜂巢蜜。
四、营养
蜂巢蜜是连巢带蜜的蜜脾，也就是说，蜂巢蜜除了含蜂蜜之外，还含蜂巢，蜂巢本身是成分复杂的混合物，主要成分是蜂蜡含少量的蜂胶、蜂王浆、蜂花粉、蜂茧衣等，但土蜂只含有蜂蜜，所以从成分来看蜂巢蜜比土蜂蜜复杂得多。
五、价格
蜂巢蜜和土蜂蜜的价格也有明显的不同。其中蜂巢蜜的价格约为60~120元左右，土蜂蜜的价格约为120~200元左右，即整体上土蜂蜜比蜂巢蜜高，但中蜂采集山野百花酿制而成的蜂巢蜜可能更高。
