一、来源不同
蜂巢素是人工提取蜂巢中的有效成分精制而成的，蜂巢胶是蜜蜂采集树胶混合在腺体分泌物中加工而成的，但由于天然蜂胶（毛胶）含有重金属而不能直接食用，因此市场上的蜂窝胶多为提纯之后的蜂巢胶，因此仅从源头上看蜂巢素和蜂巢胶有本质的区别。
二、成分不同
蜂巢素含有脂肪酸、鞣质、甙类、氨基酸、酶类和铁、钙、铜、钾等微量元素，而蜂胶的主要成分是树脂、蜂蜡和多种蜜蜂分泌物，尚含有丰富的黄酮类化合物、氨基酸、维生素、有机酸、矿物质等成分，但值得注意的是蜂巢素实际上含有一定量的蜂胶。
三、效果不同
蜂巢素最主要的效果是抗菌和炎症，一般多用于辅助治疗鼻炎、鼻窦炎、咽炎、肝炎、风湿性关节炎等症的辅助治疗，蜂胶除了抗菌炎外还具有增强免疫、降脂降压、调节血糖等效果，特别适合免疫力低、高血压、高血脂、高血糖、各种鼻炎、口腔炎等人群服用。
四、价格不同
蜂巢素是以蜂巢为主要原料制成的，蜂窝巢所有蜂巢产品中是最为便宜的，因此蜂巢素一般在30~50元左右（500克），蜂巢胶因产量稀缺而有“紫色黄金”说法，原始蜂窝胶（毛胶）基本上为200~300元一斤，提纯之后的蜂巢胶的销售价格达到600~800元一斤。
