一、操作困难
自然分蜂是指等待蜂群分蜂后收回分蜂群，操作时要养蜂人能立即收回分蜂群；人工分蜂是指在蜂群还没有分蜂的情况下人工分蜂群，养蜂人需要掌握一定的技术来完成，因此从操作难易上看自然分蜂比人工分蜂简单一些。
二、控制程度
自然分蜂在一定程度上几乎无法控制，从蜂群中出现王台可能随时发生，但人工分蜂完全可以自由决定分蜂时间，只要蜂群中有成熟的王台就可以进行，因此在控制程度上看人工分蜂比自然分蜂好，特别是在分蜂期自然分蜂肯定会让养蜂人手忙脚乱。
三、是否回蜂
自然分蜂完全是蜂群自然发生的分蜂行为，相对来说回蜂很少（分蜂返回原巢）；人工分蜂是养蜂人强制进行的分蜂，如果分蜂操作不当容易发生回蜂现象，特别是分蜂距离过近时更普遍，所以从是否回蜂上看自然分蜂比人工分蜂较好。
四、蜂群的发展
自然蜂群是蜂群发展到一定规模后的自然行为，蜂群发展自然并迅速恢复；人工蜂群是人工强制将蜂群分成两部分，蜂群时间掌握不足容易出现回蜂现象，蜂群难以发展，另外对分蜂群的育虫、采集等行为也有一定的影响。
