一、蜜源不同
龙眼蜜和百花蜜在蜜源上完全不同，其中龙眼蜜是指蜜蜂收集龙眼树花蜜酿造的单花蜜，百花蜜是蜜蜂收集多种花蜜酿造的多花蜜，实际上龙眼产区的百花蜜中可能含有龙眼蜜。
二、营养不同
龙眼蜜和百花蜜在营养上有些不同，但主要成分都是葡萄糖和果糖，还含有蔗糖、氨基酸、维生素、矿物质等，区别在于百花蜜中营养成分更丰富，而龙眼蜜含有更多的蛋白质和铁、钾等矿物质。
三、外观不同
龙眼蜜和百花蜜在外观上有些不同，其中未结晶时两者都是琥珀色的粘稠液体状，但龙眼蜜相对比较难结晶，偶有结晶多为颗粒粗的琥珀色，而百花蜜容易结晶，结晶后呈颗粒细腻的浅琥珀色。
四、口感不同
龙眼蜜和百花蜜的口感不同，其中龙眼蜜有浓郁自然的龙眼香味，口感比较甜，还有龙眼果实特有的酸味，而百花蜜的天然花香味浓郁，味道甜润，有轻微的酸味。
五、价格不同
龙眼蜜和百花蜜的价格差异很明显，其中龙眼蜜一般为每斤30~50元，少数质量好的龙眼蜜也可以卖到每斤60元以上，百花蜜一般每斤为40~60元，但中蜂采集山野百花酿造的土蜂蜜多为每斤100~300元。
