一、少量多次施用
少量多次施用是水溶性肥料最重要的施肥原则，符合植物根系不断吸收养分的特点，减少一次大量施肥造成的淋溶损失。另外，少量多次施用也是水溶肥料利用率高的最重要原因。一般亩用量为3-6公斤。
二、注意养分平衡
水溶肥料通常用于浇施、淋施或灌溉设备施用。特别是在滴灌施肥条件下，根系生长密集、量大，此时对土壤养分供应依赖性减小，更多依赖于通过滴灌提供的养分。对养分的合理比例和浓度要求更高。如果配方不均衡会影响作物的生长。
三、安全施用
防止肥料烧伤叶片和根系，特别是喷雾和微喷雾施肥时容易烧伤叶片。通常控制肥料溶液的EC值为1-3ms/cm，或者每立方水溶解1-3公斤，相当于稀释350-1000倍。喷洒肥料后喷洒清水。淋施时也要防止浓度过大烧根烧苗。一些种植者在水中加入70公斤的水溶肥料淋种植的菠萝，结果造成根系死亡、发黑。生产中最保险的方法是用少量肥料进行试验，发现肥料对叶片有伤害时，适当降低浓度。购买手持电导率仪监测肥料浓度是一种可行的方法。特别是对水源盐分浓度高的地区更实用。
