由于栽培技术的不合理，秋萝卜肉质根的品质经常恶化。变质主要发生在近两个月的叶片和肉质根的生长高峰期（一般在9月上旬至11月上旬），造成肉质根、叉根、糠芯开裂、辛辣苦味，导致品质下降，影响产量。
根分裂
这意味着肉质根开裂，难以储存和运输。原因是土壤水分供应不均，有时干或湿，或连续阴天，突发暴雨；皮肤损伤（冻伤、药物损伤、病虫害等）。防治方法：肉质根膨大期要注意均匀供水，及时防治地下害虫。
麸皮芯
又称空心，是指肉质根的中部干燥失水，严重影响食品质量。原因是生育期前后供水不均，如前期湿度过大，后期干旱；重视氮肥的施用；早期栓接；这是由于储存和运输过程中的高温干燥造成的。防治方法：注意前后供水平衡；平衡施肥；选择秋季种植的品种；创建合适的存储环境。
叉根
萝卜侧根异常膨大，形成分枝肉质根。其原因是种子萌发时胚根被破坏；土壤质地坚硬，耕层浅，土壤粘稠，阻碍肉质根向下生长；施肥不均或肥料分解不完全破坏主根；在田间管理中，除草或翻耕会破坏根尖。防治方法：认真整地，挑出石块、砖块等硬物；选择不要种植在太粘的土壤里；耕地应尽可能深；施用完全分解的有机肥，避免烧根；除草时要小心，以免伤根。
又苦又辣
原因是肉根中辛辣芥子油含量过高，造成刺鼻的味道；苦味是由苦瓜素引起的。防治方法：注意控制萝卜病虫害；充足的肥料和水供应；合理施肥，不能只施氮肥，氮肥过多，会导致磷、钾和微量元素吸收受阻，导致肉质根内部生长失调，热芥子油和苦瓜增多。
