一、科不同
木瓜和番木瓜科属不同。木瓜是我国传统的木瓜，市场上的宣木瓜说的就是木瓜这种水果；它是蔷薇科木瓜属的植物；而番木瓜则是木瓜科番木瓜属的植物，所以它们是两个完全不同科的水果。
二、果实的外形不同
番木瓜和木瓜的形状和颜色都是不一样的。一般来说，番木瓜的果实是长圆球形的，成熟之后的果实的颜色表现为橙色或是黄色的，果实切开后中里面的种子呈不规则分布的。木瓜的果实一般是长椭圆形的，果实成熟后颜色一般是暗黄色，颜色没有木瓜明亮，切开木瓜后，里面的种子是分在五室的，非常的有规则，所以与番木瓜完全不同。黄
三、花色不同
番木瓜和木瓜开花时，花色也是不同的，所以我们在花期的时候也可以区分出来。番木瓜开花时，颜色一般是乳黄色或是黄白色，但是木瓜开花时，颜色一般是淡淡的粉红色，或者带有一点点紫色。另外，花朵的形状也是不同的，属于我们也能很好地区分。
四、营养价值和功效不同
木瓜和番木瓜的营养价值和功效是不同的，如果吃错对身体是会产生不一样的效果的。木瓜含有丰富的有机酸、维生素，吃木瓜可以起到催乳、止痛、增强免疫力的作用。番木瓜主要用于药用，它含有大量木瓜酶、木瓜碱，具有很好的减肥和美容效果，因此在我们的生活中常用于制作各种护肤品、化妆品等。
五、口感不同
番木瓜和木瓜在品尝时，他们俩之间的口感还是有很大差别的。木瓜吃起来一般是比较酸的，所以我们经常会腌制后再吃。然而，番木瓜的味道则是酸甜的。一般来说，只要去除里面的种子，然后去皮，就可以吃了。
六、叶片形状不同
番木瓜和木瓜的叶片也有很大的差异，像番木瓜的叶片一般是是盾形的，并且经常生长在茎的最顶端的位置。木瓜的叶子一般是椭圆卵性或者是椭圆长圆形以及稀倒卵形。
