一、寄生不同
1、草苁蓉经常寄生在凯木属物根上。
2、肉苁蓉是沙漠树梭梭根寄生的寄生植物，从梭梭寄生主中吸收养分和水分。素有“沙漠人参”的美称，具有极高的药用价值，是中国传统珍贵的中药材。
二、分布不同
1、草苁蓉分布在朝鲜、日本、俄罗斯（西伯利亚）和中国的陕西（陕北）、黑龙江、吉林和内蒙古。生长在海拔1500-1800米的山坡、林下低湿度和河边。
2、肉苁蓉主要生产于新疆、内蒙古阿拉善盟，甘肃、宁夏也分布。
三、外形不同
1、草苁蓉株高15-35厘米，整体接近无毛。根茎横行，圆柱状，通常有2~3根直立茎。
2、肉苁蓉是一种高大的草本，高40-160厘米，大部分地下生。茎不分枝或自基部分为2~4根，下部直径为5-10（-15）厘米，向上逐渐变细，直径为2~5厘米。
四、花色不同
1、草苁蓉花冠宽钟状，暗紫色或暗紫色，筒膨大成囊状，上唇直立，接近头盔状，长5~7毫米，边缘短，下唇极短，3裂，裂纹三角形或三角形披针形，长2~2.5毫米，往往向外折叠。
2、肉苁蓉的颜色有变异，淡黄白或淡紫色，干后经常变成棕色。
五、环境不同
1、草苁蓉喜欢阴暗、潮湿、低温的环境条件，没有这样的环境条件是没有草苁蓉分布的。
2、肉苁蓉喜生于轻度盐渍化的松软沙地，一般生长在沙地或半固定沙丘、干枯老河床、湖盆低地等，生境条件差。适合生长区的气候干旱，降雨量少，蒸发量大，日照时间长，昼夜温差大。土壤以灰色沙漠土、沙漠土为主。
