一、花杆不同
凤丹花杆笔直枝条少，芽间距长，等到秋季时杆茎会变的比较空，还很容易脱皮；牡丹花杆弯曲枝条多，芽间距短，枝条不容易脱皮且较光滑。
二、叶片不同
等叶片展开后观察，凤丹叶片无分叉；牡丹叶片基本会分为三叉。
三、根系不同
重瓣观赏牡丹的根系很发达，像个八爪鱼一样，四面八方都是分根，植株越大，根系越是发达茂盛；凤丹的根系不发达，一般只有一根主根，长点毛细根，有明显的肉质根特性，即便植株比较大，分根也很少，只会往下发展。所以购买裸根牡丹时，可以重点检查下根系，看是否发达。
四、花朵不同
重瓣牡丹花大，花瓣数量多，品种丰富，色泽变化多姿多样，观赏性极佳；而凤丹一般都是开白色的花，刚开时带点粉，越开越白，花朵较小，单瓣，观赏性不是很好。另外，重瓣牡丹开花以后很少会结种子，有些就算会结也结的比较少；而凤丹很容易结种子。
五、结种不同
凤丹会结种子，即开花结果；牡丹一般不结种子，花开的越好越不结种子，也就是说只开花不结果。
