一、科属不同
1、大丽花为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、合瓣花亚纲、桔梗目、菊科、管状花亚科、向日葵族、大丽花属多年生草本植物。
2、芍药为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、五桠果目、芍药科、芍药亚科、芍药属多年生草本植物。
二、形态不同
1、大丽花有巨大棒状块根，茎直立，多分枝，高1.5-2米，叶1-3回羽状全裂，头状花序大，有长花序梗，常下垂，瘦果长圆形，花期6月-12月，果期9月-10月。
2、芍药块根由根颈下方生出，肉质，粗壮，呈纺锤形或长柱形，芽丛生在根颈上，茎由根部簇生，高约50-110厘米，花一般独开在茎的顶端或近顶端叶腋处，蓇葖果呈纺锤形、椭圆形、瓶形等，种子黑色或黑褐色，大型，呈圆形、长圆形或尖圆形，花期5-6月。
三、分布不同
1、大丽花又称大理花、天竺牡丹、东洋菊、大丽菊、西番莲、地瓜花等，原产墨西哥，是全世界栽培最广的观赏植物，20世纪初引入中国，现在多个省区均有栽培。
2、芍药又称将离、离草、婪尾春、余容、犁食、没骨花、黑牵夷、红药等，中国分布于江苏、东北、华北、陕西及甘肃南部，东北分布于海拔480-700米的山坡草地及林下，其它各省分布于海拔1000-2300米的山坡草地，朝鲜、日本、蒙古及西伯利亚地区也有分布。
