作为一名从事植物病理学研究的博士后，黄昌军于2013年11月来到云南省烟草农业科学研究院工作。谈到选择走进烟草科研领域的原因，他说：“我从硕士到博士，再到博士后，几乎所有课题都是将烟草作为模式植物来进行基础研究，这奠定了我对烟草最初的感情。从那时起，我就下决心用科研手段解决烟草农业发展中的实际问题。”
“刚走上工作岗位时，与原先待在实验室里还是有很大的不同。一下子不知道工作该从什么地方干起，毫无头绪。”黄昌军说，“直到第二年烤烟种植的季节，我主动要求下乡进行田间实地调查。那半年多，在田间地头我找到了目标，有了使命感。”
在黄昌军的记忆里，一次下乡，他和同事来到云南省昆明市宜良县。在田间，他亲眼目睹了一户烟农因为烟草斑萎病导致绝收而沮丧地蹲在地边不知所措的场景。这一幕深深刺伤了黄昌军的心。那一刻，他就暗下决心，一定要攻克这个难题，从品种上彻底解决这个烟草上的不治之症。
随着下乡调查的深入，黄昌军和同事发现在马铃薯种植范围日益扩大的背景下，马铃薯Y病毒对烟草的危害也越来越严重。当时，凭多年的研究经验，他得出了一个基本判断：如果像烟草斑萎病、马铃薯Y病毒这类正在快速蔓延的植物病毒病害不彻底根治，将对烟叶生产甚至是烟区范围内的其他作物种植产生破坏性影响。
为此，黄昌军在两年时间内几乎跑遍了云南的主要烟区采集样品进行病原检测。通过几千个样品的检测，他明确了烟草病毒病的病原和地理分布。经过6年的科研攻关，他和同事成功选育了抗马铃薯Y病毒的烤烟新品种“云烟301”和“云烟121”，有效解决了当前烤烟品种易感马铃薯Y病毒的难题。
据不完全统计，目前，“云烟301”和“云烟121”已累计推广超过4万亩，为烟农挽回损失2000余万元。黄昌军说：“抗病品种的推广具有减工增效、绿色防控和稳定烟叶生产的潜力，同时对区域内马铃薯等其他大田作物的病害防控作用显著。”
解决了马铃薯Y病毒对烟草的危害问题，黄昌军并没有如释重负。在6年的科研攻关中，黄昌军和其团队一直没有放弃对烟草斑萎病的研究。他说：“烟草斑萎病是世界级难题，国内外进行相关研究已经有40余年，但是一直没有较大的进展。”
寻找烟草斑萎病抗性基因、分子标记筛选、优选抗病中间材料、田间对比试验……这些过程，凝结了黄昌军和团队上千个日夜的心血。
黄昌军感慨道：“最艰难的过程是，我们从16万株烟草的分离群体中优选了18株优良抗病中间材料。试验大棚里密密麻麻的苗子，每三到五天就要筛选一遍，把性状不好的拔除。就这样一遍遍重复，半年后我们获得了预期的结果。下一步，将开始进行小区对比试验、农艺性状检测、化学成分分析等。可以说，我们离成功越来越近了。”
“长期以来，在烟草科研领域，我们一直在追赶国外的烟草巨头。”黄昌军认为，“种业是‘芯片’，烟草也不例外。现在，我们只有通过自主创新，去解决实际问题，去积累核心竞争力，实现从跟跑到并行再到领跑。”
“科研人员既要接地气，也要耐得住实验室的冷板凳。”这是采访中，黄昌军说得最多的一句话。将实验室研究结果和田间实践应用结合起来才能真正推动科研的向前发展。几年来，黄昌军丰硕的科研成果自然不用多论，几乎每一篇论文都有着泥土的芳香，在云岭大地的烟田里大放异彩。认识黄昌军的烟农都称赞他和团队是给烤烟治病的“良医”。
“我们一定会攀上科技创新高峰，为烟农持续稳定增收、烟草产业发展作出更多贡献，不负大好的青春和美好的新时代。”黄昌军信心满满。
