日本的关税税率
关税是对进口商品课征的税收，日本的关税税率有国定税率和协定税率。国定税率包括基本税率、暂定税率和特惠税率;协定税率包括WTO协定税率和EPA(EconomicPartnershipAgreement，经济伙伴协定)税率。
日本的关税形式
日本的关税形式有从价税、从量税、复合税、选择税及季节关税等。从价税是以进口商品的价格为标准征收的关税，比如牛肉关税采用38.5%的从价税;从量税是以进口商品的数量、重量、体积等为标准征收的关税，比如大米配额外关税采用341日元/千克的从量税;复合税是从价税加从量税，比如黄油配额外关税为29.8%+985日元/千克;选择税是选择从价税和从量税中较高者，比如用于制作淀粉的玉米配额外关税为50%或12日元/千克中的较高者;季节关税针对有季节特征的货物，制定两种或两种以上的税率，比如新鲜橘子关税在6月1日-11月30日期间为16%、12月1日-次年5月31日为32%。
另外，日本还实行关税配额制度，即在一定进口数量内，实行零关税或者低税率，以确保为国内需求者提供较低价格产品;进口数量超过定额时，实行较高的税率，以保护国内生产者的利益。
关税税率使用的优先关系
在使用关税税率时，国定税率和协定税率存在以下的优先关系：国定税率中除了特惠税率，暂定税率优于基本税率;国定税率(除特惠税率)与协定税率，哪个低用哪个;特惠税率和EPA税率，如果满足原产地等要求，EPA缔约国的原产地产品可适用EPA税率，发展中国家的原产地产品可适用特惠税率，最不发达国家的原产地产品可适用特别特惠税率。
不同国家出口日本的税率不同
鉴于关税的税收优惠制度和税率优先关系，不同国家出口日本的农产品税率会不同，以出口日本的小型鳕鱼和咖啡豆为例：如果是发达国家(不包括EPA缔约国)，出口日本的小型鳕鱼的肉糜关税税率是4.2%、咖啡豆的关税税率是12%;如果是EPA缔约国比如墨西哥，则关税税率分别为4.2%和0;如果是发展中国家，则关税税率分别为4.2%和10%;如果是最不发达国家，则关税税率分别为4.2%和0。具体有关税率可查阅相关税率表，示例如下：
日本主要农林水产品的关税税率
(一)粮油类：大米是日本重点保护产品，配额外关税高达341日元/千克，配额内进口关税为零，但实际上这部分大米难以进入日本市场。对小麦、大麦的管理与大米类似，配额内零关税，配额外关税分别为55日元/千克和39日元/千克。杂豆(豌豆，红豆，扁豆、蚕豆等)的配额内关税为10%，配额外关税为354日元/千克。花生配额内关税为10%，配额外关税为617日元/千克。大豆、油菜籽实行零关税。
(二)蔬菜类：大部分新鲜蔬菜的关税税率为3%(比如番茄、洋葱、黄瓜、菠菜、白菜、萝卜、茄子、生菜、胡萝卜等)。新鲜洋葱的进口关税为：CIF价格(CIF价格=进口商品的价格+运输费+保费)≤67日元/千克时，关税税率为8.5%，67日元/千克
(三)水果类：新鲜苹果的关税为17%，新鲜橘子实行季节关税，6月1日到11月30日为16%，12月1日到次年5月31日为32%。橘子汁的关税为21.3%-(29.8%与23日元/千克两者中的较高者)，苹果汁的关税为19.1%-(34%与23日元/千克两者中的较高者)。
(四)禽肉蛋类：牛肉的关税为38.5%，猪肉(部分肉)的关税为：CIF价格≤64.53日元/千克时，关税为482日元/千克，64.53日元/千克
