理论上说当然可逆，水体有自净能力，但这种自净能力是在湖泊生态系统还保持正常运转的前提下，目前的湖泊污染是污染物的量远远超过湖泊自净所能消耗的量，所以这个过程会很漫长。从另外一个角度来说，湖泊从贫营养化（也就是一般说的很清洁的水体）到富营养化最终到达湿地，其实是湖泊生态系统演替的自然流程而已，在无人工干预的前提下，环境给予湖泊的营养物质有限，所以这个演替过程会非常漫长，但是人类排放的污染物（对于湖泊来说可以看作营养物质）极大加速了这个过程。目前很多严重污染的水体的生态系统已经丧失了这种自净能力。
至于目前使用的水质处理的措施。主要是针对集中排放的污水处理，对于湖泊水质的改善，这只是减少污染来源而已，这些措施如果直接用于治理湖泊这么大体量的水体，成本会非常高。此外，对于污染已经很严重的水体来说，水底污泥也是主要的治理对象，但是成本也非常高。其实这是一个很复杂的过程，大致来说比如藻类的繁殖，以藻类为食的浮游动物和以分解藻类尸体为生的细菌也大量繁殖，从而大大降低水中溶氧量。同时藻类覆盖在水体表面，阻挡阳光和氧气进入水体，原本可以在水下产生氧气的藻类也只在表面繁殖。最后造成厌氧使鱼虾逐渐死亡。
