作为东北大粮仓，哈尔滨市辖区内农业污染源在第二次全国污染源普查工作中，占比比较大。查清农业污染源的排污信息，对哈尔滨市下一步进行环保改善和可持续发展政策制定，有不可忽略的作用。
农业污染源主要为畜牧养殖业污染源以及种植业污染源。在生态学上，环境污染分为点源污染与面源污染，点源污染指有固定排放点的污染源，如企业等;面源污染则没有固定污染排放点，如没有排污管网的生活污水排放等，是分散污染源引起的对水层、湖泊、河岸、滨岸、大气等生态系统的污染，与点源污染相比，面源污染范围更广，不确定性更大，成分、过程更复杂，更难以控制。
农业面源污染是指在农业生产活动中，由农药、化肥、肥料、沉积物、致病菌等分散污染源引起的对水层、湖泊、河岸、滨岸、大气等生态系统的污染。农业面源是最为重要且分布最为广泛的面源污染，农业生产活动中的氮素和磷素等营养物、农药以及其他有机或无机污染物，通过农田地表径流和农田渗漏形成地表和地下水环境污染。土壤中未被作物吸收或土壤固定的氮和磷，通过人为或自然途径进入水体是引起水体污染的主要因素之一。
畜禽养殖场的排放污染物，主要是畜禽粪便，它除含有氮、磷、钾外，还含有大量的COD和其他物质。畜禽养殖对周围环境的危害还有畜禽场废物污染和畜禽体、畜禽产品中残留的有毒化学物质等。如果将养殖粪便、垃圾随意堆放，仅作简单处理或处理不及时、不达标，养殖场周边空气腥臭。排泄物迅速腐烂发酵，产生硫化氢、氨气、硫醇、苯酚、挥发性有机酸等上百种有害物质，以及畜禽体内排出的有害气体，都会对大气造成污染。畜禽粪便通过污染地表水，进而通过土壤污染地下水。畜禽粪便和废水中含有大量的有机物氮、磷、钾、硫及致病菌等污染物并有恶臭，未经处理的高浓度有机废水的集中排放，大量消耗水体中的溶解氧，使水体变黑发臭，富营养化。
为了做好哈尔滨环境污染台账，哈尔滨市第二次全国污染源普查工作将生猪年出栏量大于500头的、奶牛年出栏量大于100头的、肉牛年出栏量大于50头的、蛋鸡年末存栏量大于2000羽的、肉鸡年出栏量大于10000羽的进行入户调查。经初步统计，哈尔滨市2017年有规模化养殖场共计1638家，其中养猪场443家、养牛场142家，其余为养鸡场。哈尔滨市的规模化养猪场主要集中在呼兰、双城、宾县、巴彦和五常，数量占全市的64.5%。
随着近年来哈尔滨市加大环境整治力度，加强对饲养场和农田的环保设施建设和科学种植指导，环境得到有效改善。下一步，哈尔滨市还将基于第二次全国污染源普查结果，进一步制定相关环境保护方面的法律法规。
