周期长，成本高，见效慢是有机农业最大的推广难题尽管发展空间很大，但是有机农业的农产品的生长周期长，成本较高，见效较传统农业慢，所以对靠农业维持生计的农民来说这很难调动他们的积极性。大家都错误的认为有机农业是不采用化肥的。
但事实上，有机农业并不是不使用农药化肥，而是施以低毒或无毒的有机农药和有机化肥，这比传统农业中施用的农药和化肥贵2/3，无疑提高了生产成本。另外，我们的有机农业要从传统农业过渡是由一个过程的，由于有机农业要求纯天然，所以生长周期长，其除虫几乎都需要人工的。
政府支持力度不够，资金缺乏，也是影响有机农业推广的一个主要原因据有机农业协会的会员反映，有机农业在推广过程中，技术问题不是主要问题，WWF发起后会联系相关的专家指导他们，而且相关收购有机农产品的公司也会聘请专门的技术人员给予指导，会员还会经常接受不定期的培训。
但资金缺乏是发展有机农业的一个瓶颈，会员曾得到过WWF一千块钱每户的启动资金，但由于有机农业见效慢的特点，推广成长阶段农民的生计问题就成了最大的焦点了，这需要大量的资金来解决，农民虽然在精神方面有政府相关文件的支持，可是在资金方面却显得捉襟见肘了。这样就严重阻碍了有机农业的推广。
