绿肥所提供的养分虽然比较全面，但要满足作物的全部需求，仅仅绿肥的养分是不够的。同时，大多数绿肥作物提供的养分以氮为主，因此，与化肥配合施用是必需的。
绿肥与无机肥料的配合施用，应考虑到绿肥翻压时间和腐解特点。夏末秋初气候温和，土壤水分适当，此时翻压绿肥腐解、矿化速度较快。秋末天气逐渐变凉，翻压的绿肥腐解和矿化速度缓慢，若在此绿肥翻压的基础上，应结合春季播种基施少量氮磷化肥，即可及时供给作物苗期充足的速效养分，奠定其良好的生产发育基础，又能充分发挥绿肥的肥效，与作物需肥高峰相吻合，收到明显的增产效果。例如北京地区9月中旬翻压田菁，一个月后，其土壤供氮量出现第一次高峰，为小麦的苗期生长和冬前分蘖提供了充足的养分。第二年小麦返青后，需要大量的氮素以便满足其快速生长。此时，虽然田菁的养分释放出现了第二个高峰，但所释放的氮素仍不能保证小麦的正常生长需要，若不供给氮肥，小麦就会出现缺素症状，导致减产。所以，在小麦返青后要及时、适量追施氮肥，才能保证小麦的高产，也才能发挥绿肥的增产潜力。
大多数绿肥作物提供的养分以氮为主，尤其是豆科绿肥，所以补充磷、钾肥是十分重要的。但补充磷、钾肥最好是在绿肥播种时基施，这样既可以保证绿肥生长对磷、钾的需要，提高绿肥的鲜草产量和品质，又由于绿肥对磷、钾肥的吸收和富集而提高磷、钾肥对后茬作物的有效性，从而达到一箭双雕的目的。
总之，绿肥与化肥配合施用使肥效衔接和肥力互补，起到了用地养地相结合、供肥需肥互协调的作用，是实现农业生产减肥增效，可持续绿色发展的重要措施。
