上海市崇明区委、区政府高度重视水环境治理工作，要求“坚持依法治水、科学治水、河长治水”，“相信群众、依靠群众、团结群众然后发动群众”，形成了崇明独特的“全员治水”模式。截至目前，全区黑臭水体整治进度已基本完成，年度消劣目标已提前完成。主要措施如下：
一是引入村民自治，针对黑臭、劣V类水体主要为村级河道和泯沟这一特点，崇明区打破传统工程治河思路，广泛发动基层干部群众，集民智聚民心，鼓励群众积极参与河道疏浚、主动配合拆除沿河鸡鸭棚等。
二是制定黑臭、劣Ⅴ类水体考核办法、验收流程，要求各乡镇以群众满意为标准，积极做好社会公众满意度测评，相关结果作为验收考核依据，并计划在区河长办验收通过后，同步对各乡镇消除黑臭、劣Ⅴ类水体情况进行媒体公示，广泛征集群众意见建议，接受群众评价。
三是探索建立生态检察官派驻区河长办制度和河道警长制，发挥生态检察“捕、诉、民、防”一体化办案职能，坚持以刑事、公益诉讼案件办理为主线，开展检察建议公开宣告，创设“河道警长制”，建立五级“河道警长”体系，设置河道警长266名。
