为了保障小麦质量安全，国家农产品质量安全风险评估团队对小麦镰刀菌毒素发生及其全程管控技术进行了深入研究，揭示了镰刀菌毒素的发生风险及其关键控制点，提出了小麦质量安全全程管控技术。
在田间种植环节，江苏、安徽、湖北、河南南部等小麦镰刀菌毒素高风险地区应选择适合本区域种植、赤霉病抗性较好或毒素累积较低的品种，不宜跨区种植;适期播种，确保齐苗壮苗，减少抽穗扬花期多雨天气相遇几率;使用精量或半精量播种技术，控制小麦种植密度。
在小麦生长环节，要防止田间积水，雨后应及时排涝降渍，尤其在扬花期及成熟期，不宜过量灌溉，控制好田间湿度;根据赤霉病预测预报信息，做好药剂防治，确保抽穗扬花期用好1次药，如用药7天内遇连续阴雨或高湿天气，应第2次用药;防治农药建议使用戊唑醇、氰烯菌酯、多菌灵、或者氰烯菌酯与戊唑醇复配剂或戊唑醇与多菌灵复配剂，并使用推荐剂量，同一地区防治用药年度间应交替或混合使用;江苏、安徽等多菌灵抗药性问题突出的东部地区，不应再单独使用多菌灵;在小麦抽穗后，不应使用刺激镰刀菌产毒的甲氧基丙烯酸酯类药剂，如嘧菌酯和吡唑嘧菌酯等。
在小麦收获环节，宜在小麦蜡熟末期至完熟初期、水分含量≤22%时进行收获。如遇到持续高温、高湿天气，应抢晴、采用联合收割机收获。在小麦镰刀菌毒素存在污染风险的区域，应适当增大联合收割机风量，并及时对收割机械的脱粒室、储藏仓等部位进行清理，避免毒素污染。小麦收获后应及时测定水分含量，籽粒含水量宜低于12.5%。水分高于12.5%时，有条件的地区可按照《小麦干燥技术规范》(GB/T21016-2007)要求对小麦进行晾晒或机械干燥处理，并尽快冷却并贮存于通风干燥处;不具备干燥条件的地区，需要暂存时，应确保水分含量低于14%且暂存时间不宜超过10天。收获结束后，秸秆不宜直接还田，应销毁或高温腐熟，以减少下年度产毒初侵染来源。
收获后小麦在储藏前，应定期监测小麦储藏场地温度、湿度及籽粒水分含量，根据水分含量适时调节储藏温度和湿度。定期检测储藏小麦镰刀菌毒素含量，根据《食品安全国家标准食品中真菌毒素限量》(GB2761-2017)，脱氧雪腐镰刀菌烯醇(呕吐毒素)含量超过1000μg/kg或玉米赤霉烯酮含量超过60μg/kg的小麦应予以分离、单独存放，并及时通知相关部门处理。
在小麦运输环节，运输前后应对运输工具和储存容器进行清洁干燥。必要时，可使用登记注册的杀菌剂消毒运输工具。运输过程应采用密封容器、加盖苫布等措施，防止小麦在运输过程中受潮。运输过程中连续高温(30℃)的时间不得超过5天。
2018年，我国小麦主产区，尤其是长江流域、淮河流域以及黄淮南部麦区，全面开展了小麦赤霉病防治工作，有效遏制了赤霉病造成的减产威胁。但由于部分地区小麦生长后期雨水较多，并出现不同程度的倒伏现象，小麦质量安全依然需要高度重视。黄淮、长江中上游及江淮流域麦区已经收获，各地应该因地制宜控制小麦质量安全关键风险点，抢晴收获、及时晾晒或机械烘干，确保小麦丰产丰收、优质安全。
