为使改革管理有章可循，试验充满活力，农村改革试验区工作运行机制在探索中完善，在实践中规范。完善部际联席会议制度和各部门分工负责、紧密配合的工作推进机制，健全部门沟通机制以及对改革试验的指导机制，凝聚了各方合力;明确向中央改革领导机构的报告报备制度，探索授权争取和部门放权程序，践行改革“于法有据”;建立改革试验第三方评估验收机制，探索试验区“有进有出”动态管理机制，压实地方改革责任。各试验区所在地党委政府切实履行领导职责，探索建立试验区工作组织机制、协调推进机制、改革容错纠错机制等，落实了主体责任，激发了改革活力。
农村改革试验区是中央推进农村改革试点试验的综合平台。近几年，农业部会同农村改革试验区工作联席会议成员单位，推动农村改革试点任务在试验区安排，使改革试验的广度深度不断拓展。目前，农村改革试验区承担的试验任务达到了50余项，涉及农村土地制度、农村集体产权制度、农业支持保护制度、农村金融制度、乡村治理机制以及城乡发展一体化等改革主题，基本覆盖了农村改革的主要领域。多数试验区承担并统筹推进几项甚至十几项关联度强、相关性高的试验任务，提高了改革的系统性、整体性和协同性，降低了改革成本，为形成更为系统全面、可捆绑式推进的改革成果创造了条件。
经过几年的改革探索，农村改革试验区形成了许多突破性的制度成果，据统计，已有61项试验成果在54件省部级以上政策文件制定中得到相应转化。同时，农村改革试验区也涌现出一批各具特色的改革典型，例如，广西田东金融改革推进扶贫开发模式，四川成都创新农业经营体制，上海闵行分类落实农村集体资产股份权能，安徽宿州构建现代农业产业化联合体，重庆永川开展财政补助资金农民持股，河南信阳探索涉农资金整合县级协调机制以及贵州毕节探索涉农建设性资金“多个渠道引水、一个龙头放水”等做法。这些鲜活的改革典型，为全面深化农村改革提供了很好的示范，发挥了典型引路的重要作用，为在面上推广改革成果提供了生动实践。
