调研结果显示，预包装食品、食用农产品占不合格产品总批量的79.01%;该部分产品出现不合格的情况，可能直接来源于源头供应商管理。另外，现制现售和散装食品占比20.99%;该部分不合格产品出现不合格情况，可能来源于散装食品供应商和零售企业自制商品管控不佳，以及储存不当造成的商品不合格。与此同时，食品添加剂、农兽药残留、重金属污染是食品安全的重灾区。
2016年前三季度，国家食品药品监督管理总局(以下简称“食药监总局”)在流通环节26家零售企业门店食品抽检中共发现443批次不合格，其中，预包装食品占比65.69%，散装供应商以及零售企业现制现售占比20.99%，食用农产品占比13.32%。对此，食药监总局委托连锁协会对涉及的情况进行调研分析。而根据此次的结果，比起复杂的流通环节，源头可能是不少消费者关注较少的环节。
相关资料显示，在生产加工食物的过程中，原料把控不严容易造成微生物、毒素或重金属、化学等污染物超标。农产品出现农兽药残留问题则主要是来自于养殖、种植源头，种植户、养殖户的食品安全管理知识不足、滥用农兽药物等可能导致食用农产品出现问题。
连锁协会建议，零售企业采取直接同生产源头对接采购模式，需要加强源头供应商的入场评估制度，避免中间商违规操作导致食安风险出现。
同时，一位农产品加工从业者建议，相关部门对食品监管应从源头上治理，对种植者、养殖者使用化肥、农药、激素制品进行严格的适量限制，强化食品安全标准的制定，防止食品加工过程中的二次污染。
