在当天的分组审议中，委员们进行了热烈讨论，并希望该修正案能够尽快完善并颁布实施，为解决现存的比较突出的水污染问题和水生态恶化问题提供强有力的法律武器。
建立河长制——
从流域治理的总目标，分解各级各段河长的责任，并加强全流域治理的协调
全国人大法律委员会副主任委员安建在向大会作报告时说，有些常委会组成人员、部门、地方和社会公众提出，中办、国办印发了《关于全面推行河长制的意见》，草案应当体现建立河长制的精神。为此，二审稿增加了一条规定：“省、市、县、乡建立河长制，分级分段组织领导本行政区域内江河、湖泊的水资源保护、水域岸线管理、水污染防治、水环境治理等工作。”
“二审稿增加了关于实行河长制的规定，进一步完善水环境监测制度，符合当前加强水污染防治工作的实际，有较强的针对性和可操作性。”沈跃跃副委员长说。艾力更·依明巴海副委员长表示，河长制把小河、大河、湖泊管理责任全都覆盖，有利于依法落实监管责任。
包克辛委员认为，河长制的做法是我们国家基层在水资源保护、水污染防治实践中的一种成功探索，群众非常拥护，亲切地将其责任人称之为“河长”，这个称谓通俗、形象、接地气，但是把“河长”上升为法律语言似乎不太合适。因为今后还可能将这条经验推广到对海域、海岸、大气、土壤等方面的环境保护和治理，如果法条上都给起个通俗的名字，也不好办。所以建议将这个说法改为“省、市、县、乡应建立责任制”。
“把河长制写进了水污染防治法，这一条写比不写好。”方新委员说，但是，江河水污染治理还要讲流域的治理，现在赋予江河水的功能太多，包括生产用水、生活用水、生态用水，同时又有各个省市县辖区的切块，把一条流域条块切割了。河长制只能在管辖地段防治水污染，但是对全流域管不了。建议在这一条前面加上一款，坚持流域治理，然后才是河长制。从流域治理的总目标，分解各级各段河长的责任，并加强全流域治理的协调。
加强农业农村水污染防治——
既是要事，也是难事，应纳入到推进城乡一体化建设中来考虑和推进
在审议中，如何进一步加强农业和农村水污染防治工作成为委员们的关注焦点。
有些常委会组成人员、部门、地方和社会公众提出，解决农业面源污染问题的关键是源头治理，因此，建议将防治要求延伸到化肥、农药质量标准和使用标准的制定环节。对此，二审稿新增规定：制定化肥、农药等产品的质量标准和使用标准，应当适应水环境保护要求;县级以上人民政府农业主管部门和其他有关部门，应当推广测土配方施肥技术和高效低毒低残留农药。
此外，二审稿对一直存在监管空白的量大面广的畜禽散养作出规定，明确畜禽散养密集区所在地人民政府应当组织对畜禽粪便污水进行分户收集、集中处理利用。
“农业灌溉用水水质直接影响农产品质量，事关人民的健康，而且土壤一旦污染，极难修复。应以严格的标准、严肃的处罚，防止农用地污染。”李世明委员感到，此法第51条“利用工业废水和城镇污水进行灌溉，应当防止污染土壤、地下水和农产品。”表述不够准确，容易产生误解，建议调整为“禁止在农用地施用有毒有害物质含量超标的工业废水和城镇污水”。
“草案对散养畜禽的处理有要求，对粪便污水进行分户收集，集中处理，这都是对的，但是对农村居民的粪便污水如何收集处理没有要求。确实集中处理有一些困难，但是应该有一个法律要求。”冯淑萍委员认为，在法律中对城镇生活污水的集中处理有要求，而且提出财政要给予支持，农村要和城市一样，也应该有财政支持。
车光铁委员说，农业和农村水污染防治既是要事，也是难事。目前在基础设施、生产方式、环保意识、监管机制、整体投入等方面，确实面临很多困难，仅靠现有的防治措施，短期内很难取得明显进展。对此，建议针对目前农村实际，对统筹资源配置、强化宣传教育、明确责任落实、引入社会力量、加强监管措施等内容，进一步作出明确细化规定。
董中原委员认为，农村污水、垃圾处理设施的建设不仅关系到水污染防治，也关系到农村整体环境治理和农民生活水平的改善和提高，关系到农村的整体经济社会发展前景，因此国家应全面支持、综合考虑，地方政府应承担相应责任，统筹规划，拿出切实可行的年度建设计划和长期的工作目标，逐步稳定推进，最终实现全覆盖，把防治水污染纳入到推进城乡一体化建设中来考虑和推进;县级政府有关部门和乡镇人民政府应当对建成投入使用的农村污水、垃圾处理设施的正常运行承担行政监管责任。
加大惩处力度——
违排最高将领百万“罚单”，情节严重的，责令停业、关闭
有地方和公众提出，应当进一步加大对水环境违法行为的处罚力度。草案对此也做出相应修改，增加对篡改伪造监测数据、未建设地下水水质监测井进行监测、加油站等的地下油罐未使用双层罐等违法行为的法律责任，加大对向水体违法排污行为的罚款金额等。
相比一审稿，此次二审稿大幅提高了对向水体排放油类、酸液、碱液等违法排污行为的罚款金额，针对不同情形的违法行为分别由“一万元以上十万元以下”提高到“二万元以上二十万元以下”，由“二万元以上二十万元以下”提高到“十万元以上一百万元以下”，同时规定，情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭。
许振超委员说，水污染防治法修正案草案修得不错，但是总的感觉“防”的内容多，出了问题“处理追责”的内容多，但是对已经有的水污染，包括现在城市城郊农村的黑臭水体现在普遍治理不力，估计这个治理是非常麻烦的。建议在这里增加一个条款，“国家鼓励和支持公民个人或组织对污染水体进行治理，必要时提供便利和保护”，鼓励全民参与关注。
