《通知》对设施农用地管理类别将更加具体。根据全区设施农用地发展的具体情况，国土厅对设施农用地的类别进行了补充完善。其中生产设施中补充了现代立体蔬菜种植，菌种与菌包(菌棒)生产与培育、出菇场所等食用菌生产设施用地;附属设施用地中补充了栽培后废料等废弃物收集、存储用地等;配套设施用地中补充了规模化枸杞种植、规模化葡萄种植所必须的配套设施用地等。
为防止各地以生活用房等名义擅自或变相将设施农用地非农化，《通知》明确各类农业园区中涉及建设永久性餐饮、住宿、会议、大型停车场、工厂化农产品加工、展示、销售等用地一律按建设用地对待。
引导设施农业合理选址。城市规划区、工业集中区严格控制各类设施农业用地;各类土地整治项目区的新增耕地范围内原则上不得作为附属设施和配套设施用地;生活饮用水源地保护区、风景名胜区、自然保护区的核心区等，重要生态功能区保护区附近、国(省)道两侧500米范围内，不得建设畜禽养殖等相关设施。
进一步细化配套设施用地规模。粮食种植面积200亩至1000亩以内的，配套设施用地规模控制在种植面积的0.3%以内;超过1000亩的，按照种植面积每增加100亩配套设施增加0.3%，但最多不超过10亩。从事规模化枸杞、葡萄、药材等其他规模化种植的，配套设施用地规模可参照规模化粮食生产配套设施用地规模比例予以安排，但不得占用基本农田等。
《通知》还明确了设施农用地使用与备案程序。要求全区各地设施农用地使用前，经营者应按规定拟定设施建设方案，签订用地协议并向当地国土、农牧部门备案。
