农业用水总量控制在3720亿立方米，节水迈出重要步伐。2016年农田灌溉水有效利用系数超过0.53，农业用水总量实现有效控制，在突破我国农业发展缺水瓶颈上取得初步成效。其中，工程节水、技术节水、旱作农业节水扎实推进，新增高效节水灌溉面积2000万亩以上，全国节水农业技术累计应用面积超过4亿亩，天然降水利用率达到60%。
农药使用量保持在30万吨（折百）左右，继续保持零增长。其中，三大粮食作物实施专业化统防统治面积达到14亿亩次，病虫专业化统防统治覆盖率达到35.5%，比上年提高2.8个百分点；粮食、蔬菜、果树、茶叶等作物绿色防控技术应用面积超过5亿亩，主要农作物病虫害绿色防控覆盖率达到25.2%，比上年提高2.1%。
化肥使用量6000万吨（折纯）左右，接近零增长。这是改革开放以来首次接近零增长，一些地方甚至实现负增长。其中，全国测土配方施肥技术推广应用面积近16亿亩，机械施肥面积超过8亿亩，秸秆还田面积8亿多亩，有机肥施用面积3.8亿亩次，绿肥种植面积约4800万亩。
三类农业废弃物利用率均达到60%以上，面源污染加重的趋势逐步缓解。畜禽粪污综合利用率达到60%以上。秸秆资源肥料化、饲料化、原料化、基料化和燃料化全面推进，综合利用率达到82%。农用残膜标准化分类收集、规模化转运、专业化处理、商品化应用的运营机制初步构建，农膜回收率达到60%。
耕地轮作休耕制度试点616万亩，农业休养生息取得实质性进展。2016年，在东北冷凉区和北方农牧交错区实施轮作试点500万亩，在地下水漏斗区、重金属污染区和生态严重退化地区实施休耕试点116万亩，东北黑土地退化、南方重金属污染、华北地下水超采等突出问题加重趋势得到有效遏制，“藏粮于地”战略得到有效落实。
