2011年我区曾颁布过《自治区种畜禽生产经营许可证管理办法》。为贯彻落实《畜牧法》，进一步强化我区种畜禽场生产管理工作，2016年，自治区人民政府对原有的《自治区种畜禽生产经营许可证管理办法》进行了修订和完善。
修订后的《办法》有以下特点：一是承接做好农业部下放至各省区的家畜卵子、冷冻精液、胚胎等遗传材料的生产许可工作;二是完善种畜禽生产经营许可工作机制，进一步明确“区、地、县”三级许可证核发范围;三是强化畜禽种源管理，促进建立层级明晰的畜禽良种繁育体系;四是严格准入条件，提高种畜禽场软硬件建设标准和条件，强化种畜禽场动物防疫工作要求，促进种畜禽场转型升级，进一步提升其管理水平和种畜禽质量;五是建立健全监督机制，明确“区、地、县”三级畜牧兽医行政主管部门的监管范围和监督方式方法。
自治区畜牧厅有关负责人表示，老《办法》对种畜禽场的软硬件要求，已不能满足当前的管理工作需要，大多数种畜禽场的育种水平提升缓慢，有的种畜禽场甚至一直原地踏步。新《办法》实施以后，将剔除一些低水平的种畜禽场，促使种畜禽场强化育种工作，加强生产管理，出场种畜禽的质量将会大大提升，有利于加快我区畜禽遗传改良步伐，加速畜禽良种化进程。
