植物的苦味到底是如何形成的?“味道的获得和丢失，与植物中次生代谢产物在作物可食用部分的分布和积累密切相关。”据这两位研究员介绍，次生代谢产物是植物在与外界环境长期相互作用过程中产生的天然化合物，有的具有令人愉悦的清香味，有的却具有苦味或毒性，是植物合成的“天然农药”，被用来抵御病虫害等不利环境。
因此，要找回“好吃”的味道，就必须实现对次生代谢产物在作物中的分布进行精准调控——可食用的部位要积累令人愉悦的化合物，但又要避免“天然农药”的产生。由于植物含有数以万计、结构各异的代谢产物，要实现这一目标必须在基础研究领域有所突破，而这一直都是该领域的研究重点和难点。
从2005年起，黄三文率领团队致力于蔬菜作物基因组、变异组及转录组等大数据研究，为研究重要园艺性状、开展分子育种提供不可缺少的基础工具。随后，尚轶带领的科研小组开始尝试将基因组等大数据研究应用到代谢研究中。通过综合运用多种手段，两位研究员揭示了葫芦科植物具有非常相似的苦味性状驯化历史。利用这一趋同驯化的特点，育种家将能够精准调节蔬菜瓜果中的苦味，从而培育品质和口感更好的新品种。一方面确保果实中不积累苦味物质，保证商品品质;另一方面提高根中的苦味含量，用于抵御土壤中的病菌、害虫的侵害。
