与老版管理办法相比，新《办法》主要有以下变化：
一是重新界定了粮食的概念。原《办法》所称粮食是指禾谷类、豆类、薯类等粮食作物的籽实(非繁殖用)及其加工产品。新《办法》所称粮食，是指用于加工、非繁殖用途的禾谷类、豆类、油料类等作物的籽实以及薯类的块根或者块茎等。新办法不仅限制“非繁殖用”，同时还明确应“用于加工”，只有同时满足才属于新《办法》管理的粮食范围。值得注意的是，新《办法》增加油料类，明确将大豆、油菜籽等油料作物籽纳入管理，且新《办法》管理的粮食不包括粮食加工产品。
二是突出强调粮食风险管理、源头管理、过程管理的特点。新《办法》针对进境粮食流程长、环节多、风险高的特点，将进境前检疫准入、检疫许可，进境时指定口岸、现场查验、实验室检验检测，进境后定点加工、疫情监测作为检验检疫监管工作重点，建立了全流程的风险监管制度。
三是强调企业主体责任并将境外输华粮食加工储存企业纳入监管。新《办法》结合企业管理水平、诚信水平，对境外出口商和加工仓储企业、境内加工仓储企业实施注册登记、备案、分类管理等措施，落实企业责任，明确违规处罚。
