从结构来看，各地区的创新能力指数结构没有明显差异，均主要由创新绩效带动，创新支撑略显不足，提高创新水平是后续发展的关键;从地域分布来看，西部地区无论是创新能力指数还是三类分项指数，均不如中、东部地区，但差异不大。
在创新支撑方面，国家农业科技园区人才队伍建设已初具规模，科技特派员与自有研发队伍成为园区创新的重要人才支撑;园区创新平台建设普遍得到重视，实验仪器设备不断完善;园区研发投入强度与高新区科技投入相当，而且投融资渠道不断拓宽，土地投融资强度加大。
在创新水平方面，园区每百名研发人员申请发明专利数与全国每百名研发人员申请发明专利数水平相当，但园区之间差异较大，有大学和科研机构支撑的园区在创新水平方面的表现明显出色;以科技引进为指征的园区集成创新能力不断增强，中西部园区科技引进水平高于东部园区;以科技推广为指征的园区成果辐射能力仍有较大提升空间，且中部园区科技推广水平优于东、西部园区。
在创新绩效方面，近三年园区产值平均增幅显著高于我国GDP平均增幅，创新效益明显;多数园区以终端消费性农产品生产为主，产业带动能力有待提升。
