会议指出，长江是我国重要的生态宝库，拥有水生生物1100多种，但受水利工程、水域污染、过度捕捞等影响，长江水生生物生存环境日趋恶化，生物多样性指数持续下降，特别是珍稀特有物种全面衰退，部分物种濒临灭绝。各级农业部门和渔业渔政执法部门要进一步强化保护责任意识，切实担负起长江流域水生生物资源养护、水域生态保护和渔业渔政执法监督管理职责，切实加大保护工作力度。长江渔政监督管理部门要把水生生物保护作为第一职责。要进一步提升履职能力，加强执法监管、装备建设、资源调查、环境监测、科技支撑等方面能力建设，更好地履行生态保护责任。要重点加强长江珍稀濒危物种保护工作。从今年开始，延长长江禁渔时间，由3个月延长到4个月，并扩大禁渔范围，覆盖长江主要干支流和重要湖泊;大幅度压减渔业捕捞强度，大力推动捕捞渔民转产转业，率先在长江流域水生生物保护区实现全面禁捕;加强长江水生生物保护区建设，实施中华鲟拯救行动计划和江豚保护行动计划;从今年开始，在鄱阳湖和洞庭湖开展为期三个月的“清湖行动”，严厉打击“电毒炸”等非法捕捞行为;集中整治非法捕捞、“绝户网”、非法采砂和非法排污等严重危害行为;继续组织各地广泛开展水生生物增殖放流活动，坚持不懈地促进长江水生生物资源恢复和水域生态环境修复。
会议审议并原则通过《全国种植业结构调整规划(2016-2020年)》。会议强调，当前，我国粮食供求总量基本平衡，但结构性矛盾突出，要充分认识推进种植业结构调整的重要意义，不断优化区域布局和产品结构，促进产业转型升级，提高我国农产品竞争力。要及时搞好与各省农业部门的衔接，明确调整区域、品种和方向，制定任务清单，加强跟踪调度，搞好服务指导。要强化政策支持保障，落实好“粮改饲”和耕地轮作休耕等补助政策，支持各地推进种植业结构调整。要积极推进“镰刀弯”地区玉米结构调整，适度调减非优势产区玉米种植面积，重点在东北地区推广“粮改豆”、粮豆轮作模式，建立东北优质大豆生产保护区，促进大豆生产健康发展。
会议审议并原则通过了《全国生猪生产发展规划(2016-2020年)》。会议强调，“十三五”期间，生猪产业要贯彻绿色发展理念，以“提素质、增效益、稳供给、保安全、促生态”为目标，优化饲养区域布局，推进标准化规模养殖，建设现代生猪种业，促进养殖废弃物综合利用，加强屠宰监管和疫病防控，建立健全猪肉产品质量安全追溯体系，加快生猪养殖产业转型升级，同时加强生产引导，防止大起大落，促进生猪生产持续健康发展。
会议还研究了其他事项。
