南方水网地区包括珠江三角洲水网区、长江三角洲水网区、长江中游水网区、淮河下游水网区和丹江口库区等五个重点区域，主要涉及上海、江苏、浙江、安徽、江西、山东、河南、湖北、湖南、广东等10个省(市)。南方水网地区是我国重要的水源地，也是我国生猪主产区和主销区。2014年，南方水网地区133个主产县生猪存栏5562万头，出栏9696万头，分别占全国总量的11.9%和13.2%，外调生猪3700万头，对于保障南方乃至全国猪肉市场供给发挥了重要作用。但是，南方水网地区河湖众多，水网密集，生猪规模养殖场粪便综合利用设施建设滞后，粪便综合利用率仅为40%，比全国低10个百分点，成为生猪养殖污染的根本原因。
《意见》明确了今后一个时期促进南方水网地区生猪养殖污染治理的总体思路。《意见》指出，南方水网地区要按照中央生态文明建设的总体部署，树立绿色发展理念，坚持生猪养殖与环境保护协调发展的总要求，以转变生猪生产方式为突破口，优化生猪养殖区域布局，提升标准化规模养殖水平，推进种养业生态循环发展，提高生猪粪便综合利用率，构建产出高效、产品安全、资源节约、环境友好的生猪养殖业。
为破解南方水网地区生猪养殖污染难题，促进生猪产业可持续发展，《意见》提出了三项重点任务。一是调整优化区域布局。根据水环境保护要求和土地承载能力，科学确定适宜养殖规模，须减则减，宜调则调。二是提高科学养殖水平。深入推进生猪适度规模标准化养殖，改进养殖和粪便处理工艺，提升设施装备和管理水平，促进生猪养殖提质增效。三是促进粪便综合利用。加强粪便综合利用技术研发，推行种养结合、循环利用、集中处理等模式，引导社会资本参与生猪粪便处理，推进种养一体化发展。
农业部要求，南方水网地区各级农牧部门要坚持“保供给”和“保生态”两手抓，努力实现生猪产业发展与生态环境保护“双赢”。
