防疫是畜禽健康养殖的首要环节。为了做到应防尽防，村不漏户，组不漏头(只)，如皋市畜牧系统在全市330多个行政村都设立了专职动物防疫员，防疫补助等全部纳入财政预算。对于规模养殖场，防疫员在每月两次以上现场督查的基础上，还要将养殖场的防疫详情，如何时打针，疫苗名称、批号、生产厂家等详细信息记录备案，随时待查。
“驻点兴园”是如皋市农委系统推进农牧产业转型升级的创新之举。从2011年起，如皋市畜牧兽医站所有技术人员一对一与全市规模养殖场结成了帮扶对子，通过主动驻点服务，帮助养殖大户培育、引进新品种，更新养殖设备，提高饲养、管理技能，目前，全市所有规模养殖场已基本走上生态、高效养殖之路。
病死畜禽尤其是病死猪的无害化处理，是如皋市保证食品安全和保护生态环境的关键措施。全市在每个乡镇均设立了1-2个病死猪收集点，严格执行“户申报、站受理、镇集中、场处理、所监管、市补助”病死猪无害化处理流程，并将病死猪的保险理赔和财政补助资金发放与养殖户的主动申报相结合。近几年来，如皋市每年的病死猪无害化处理率都达100%。
