会议强调，党的十八大提出了“五位一体”的总体布局，强调把生态文明建设融入经济、政治、文化、社会建设各方面和全过程。十八届五中全会提出了创新、协调、绿色、开放、共享的发展新理念，对生态文明建设作出了新的部署，体现了中央下大力气保护生态环境的决心。当前，我国农业面源污染加重、生态系统退化、生态承载能力越来越接近极限等问题日益突出，必须加快转变农业发展方式，推进农业绿色发展。要充分认识推进生态文明建设的极端重要性和紧迫性，立足职能，积极谋划，抓好顶层设计。要认真抓好工作落实，按照《生态文明体制改革总体方案》的分工要求，抓紧制定实施方案，强化政策创设，明确保障落实措施，确保按时保质保量完成任务;要把农业可持续发展与治理资源环境突出问题结合起来，推动问题解决;要抓好部门衔接，加大协调力度，将生态文明建设的各项目标、任务、要求体现到“十三五”农业农村各规划和各重点工作中。
会议指出，长期以来，渔业为保障我国食物安全、促进经济社会发展和渔民增收作出了重要贡献。当前，要充分认识渔业转方式调结构、实现转型升级的极端重要性和紧迫性，加快转变渔业发展方式，提质增效、减量增收，实现绿色发展。要突出问题导向，针对各方关切和当前突出问题，重点突破，务求实效，合理调整养殖区域，提高水产品质量安全水平，加强渔业资源保护。
会议强调，十八届五中全会把“绿色发展”作为五大发展理念之一，强调农业生态环境保护与治理，为现代畜牧业发展指明了方向。要加快转变畜牧业发展方式，大力发展循环农业，促进畜禽粪污综合利用，推动畜牧业发展由注重数量向数量、质量、效益、生态并重转变，实现畜牧业转型升级、可持续发展。要进一步推进养殖结构调整。根据环境承载能力和土地消纳能力，因地制宜地确定发展重点和调整路径，科学布局畜牧业生产，形成生产发展与环境保护相协调的新型畜牧业生产结构。针对南方水网地区加大结构调整力度，减少养殖密度，缓解环境保护压力。要大力发展标准化规模养殖。坚持标准化、集约化、生态化、产业化方向，引导规模养殖场改造升级，改进设施装备和养殖工艺，不断提高资源利用率、劳动生产率，实现集约发展、科学发展。要强化政策创设。把畜禽粪污综合利用做成一个产业，构建畜禽粪污综合利用政策框架，创新投入方式，引导社会资本投资畜禽养殖。
