1958-1999年：全国农业税制度统一的时期。这个时期可以分为三个阶段：
1958-1978年，是农业税条例颁布实施的第一阶段。全国实现高级农业合作化后，国家对农业税制度相应进行了改革。
1979-1982年，针对“十年动乱”期间农村经济受到严重破坏的情况，从1979年开始，人均口粮在起征点以下的生产队，免征农业税。从1980年起，对自然条件差、长期低产缺粮、维持简单再生产和最低生活有困难的生产队，实行免税1~3年的政策。这一政策对帮助农民休养生息，促进农业生产的恢复和发展起了积极作用。
1983-1999年，为了调节不同农作物收益水平，缓解农业特产品生产挤占粮田的矛盾，稳定粮食、棉花、油料等重要农产品的生产，国家运用税收手段对农业生产实行宏观调控，对农林特产品收入按照较高税率和实际收入征收农林特产税。1994年，国家进行了税制改革和分税制财政管理体制改革，取消了产品税，将产品税的农林牧水产品部分应税品目改为征收农业特产税。
2000-2006年：农村税费改革时期。主要分为两个阶段：
第一阶段从2000年到2003年，按照“减轻、规范、稳定”的原则，正税清费，逐步取消专门面向农民征收的各种税费，减轻农民负担。
第二阶段从2004年到2006年，主要是按照“多予、少取、放活”的方针，逐步取消农业税。为了稳定粮食生产，增加农民收入，2004年国家开始大幅度降低农业税税率。
2005年12月19日，十届全国人大常委会第十九次会议通过了关于废止《中华人民共和国农业税条例》的决定，2006年1月1日全国彻底取消农业税。
