棉花是我国重要的经济作物和纺织原料，棉花产业涉及上亿棉农的收入和2000多万纺织工人的就业，在我国国民经济发展中占有举足轻重的地位。新疆作为我国最大的棉花生产区，已经连续20年实现棉花种植面积、单产、总产居全国各产棉省第一，新疆棉花总产已超过全国的50%，全疆50%左右的农户从事棉花生产，棉花产业水平的高低对于当地农民增收和种植业结构调整具有举足轻重的作用。据介绍，成立棉花科学学院，是国家棉花发展战略调结构、转方式的重大科技需求，也是发展“丝绸之路经济带”实现“技术输出去、原棉引进来”的重大产业需求，学院将建设成为棉花产业高地、学科研究中心、科技创新中心。
棉花科学学院结合中国农业科学院棉花研究所科技和人才优势以及塔里木大学的地域和资源优势，组建五个棉花科技创新团队，设置三大学科领域，包括棉花种质资源创新与新品种选育、轻简化植棉技术和棉田生态系统保护，重点繁育和推广适合南疆种植的棉花优良品种，建成引种试验、良种培育、高产栽培的展示基地;示范棉花新品种、新技术、新装备、新理念，为推动南疆棉花产业发展奠定基础;为南疆乃至全疆、中亚培养一批棉花科技人才及管理、技术人员等，构建棉花技术示范、培训与推广平台;加快育种进程，加强示范推广，促进南疆棉花产业的快速可持续发展，提高新疆乃至我国棉花整体生产能力。
