巴基斯坦已就生物安全签订了卡塔赫纳议定书，该议定书规定不可在不具备生物安全管理条例和相应基础设施的情况下进口或商业化转基因作物。
巴基斯坦反转基因团体表示，国内85%的棉花种植为Bt转基因棉花，跨国种子和农药公司正在极力推进玉米转基因种子的引入。许多农业及环境专家认为转基因作物将威胁巴基斯坦粮食安全。
批评者认为该法案忽视了进口转基因作物长达八年时间在各地进行的试验，以进行适应性研究，并评估病害是否会随着播种蔓延到当地环境从而影响人类健康。他们还称转基因棉花的引进是一种失败，种植者抱怨农药使用增多，而由于害虫产生抗性的速度比预期更快，产量也并未得到提高。
