土壤有机质含量降低土壤有机质减少会引发一系列土壤问题，土壤酸化和次生盐碱化，土壤结构破坏，土壤肥力低下，土传病害加剧等。
土壤结构破坏、板结严重由于土壤缺乏有机肥补充以及不合理的耕作和不合理的灌溉，化肥的大量施用，加剧了土壤团粒结构的破坏，致使土壤板结越来越严重，直接影响到土壤的自然活力和自我调节能力。
土壤趋于酸化土壤酸化主要是由于过量使用化学氮肥和生理酸性肥料，导致土壤中酸性物质增加，使土壤酸化。土壤酸化会引起土壤养分流失，土壤有害重金属活化，土壤有害微生物特别是寄生真菌增加，加速土壤贫瘠化和土传病害发生。
土壤次生盐碱化由于长期过量使用化学肥料，使土壤中的盐分不断积累，硝酸盐积累更甚，形成土壤表层次生盐碱化。轻则影响种子发芽出苗，阻碍养分吸收，作物生长不良，重则造成生理干旱，营养吸收障碍，土壤结构破坏，再甚者可导致盐害、死亡。
土壤氮磷钾元素营养比例失调，中、微量元素严重缺乏在日常管理中绝大多数农民不按比例施肥，往往只大量施氮磷肥，致钾素匮乏，长期不施中微量元素肥料，造成土壤中微量元素耗竭，土壤中大量氮磷钾比例失调，大量元素与中微量元素之间的营养比例失调。
农田土壤污染过量使用化肥、农药、农膜的残留污染，未经处理的有机肥污染，以及连作和病虫害病原物污染，一旦超出土壤自净化能力后就会“溢出”。这会造成土壤生态失衡，使土壤有益生物和有益微生物大量死亡，土壤生物种群减少，土壤理化生物性质恶化，土壤活性下降、土壤功能变差，失去农业利用价值。
农作物连作造成的“土壤病”在土壤中连续种植一种或同科作物，由于该作物所需要的中微量营养元素因连续被吸收而缺乏，也使相应的某些病菌得以连年繁殖，在土壤中大量积累，还有前茬作物根系的分泌物因累积成为有毒物质而形成病土。
土壤侵蚀耕地土壤侵蚀主要是农民垦殖过度，很多山坡被垦做农田。尤其是坡度大于15度以上的坡地，年复一年的耕作，水土流失极为严重。开垦后没有实施保护性耕作，如坡改梯、水平沟耕作、植物篱保护等，而是随意挖地耕翻，既造成耕蚀，又加剧了风蚀、水蚀。长期的水土流失，必然导致土壤沙化，保水保肥能力降低。
设施农业土壤综合障碍病设施栽培是在全年封闭或季节封闭环境下，由于高度集约化、高复种指数、高肥料投入、高农药用量、高强度高频度人为干扰，过量施肥、过量灌水、过度耕作与践踏，土壤长期处于高温高湿状态，在如此强烈的干扰和巨大压力下，土壤健康急剧恶化。一般种植2~3年，就出现了土壤营养失衡、土壤酸化、土壤次生盐碱化、土壤有害物质积累、土壤微生物种群多样性和功能退化等一系列土壤病害。
