1.结束出菇。冬季播种的平菇、金针菇、杏鲍菇等结束出菇后，应予清理菇棚，整理卫生，有针对性地喷施药物防治病虫害。菇农可使用百病傻200-500倍液和200-400倍液赛百09交替喷施，在达到预防目的的基础上，最大限度地防止病原菌产生抗药性。
对于害虫，推荐使用低毒、低残留、高效的菊酯类药物，如氯氰菊酯等，绝对禁止有机磷类化学药物进入生产的任何环节。
2.正在出菇。春季播种的如平菇、姬菇、黑木耳、毛木耳、灵芝等，已进入出菇高峰或正在陆续出菇，应在“预防为主，防治兼顾”原则指导下加强病虫害防治。关键点有二：一是选择低毒、高效、无残留或低残留的药物，绝对不得使任何药物黏附到子实体上;二是提前准备好食用菌(木耳类)晾晒的设施，如晒网、晒台等，并注意卫生。
3.即将出菇。根据各地市场的供求差异而安排不同时段出菇，是生产者必须考虑的问题。笔者调研了北京、天津、山东、河北、浙江、江苏等地的部分企业、合作社以及个人，均有“拉开时间、错开季节”的食用菌生产安排，如6月份，常规平菇、姬菇大量上市，他们便安排在7月份以后再行生产，即可错开常规的应市高峰，而在常规二三潮时段拿出第一潮菇品，以赢得市场并保持较高价位。该类生产的关键点是，在按正在出菇阶段管理的要求的同时，最好是配备控温设施，以便自主掌控出菇时间。
为避免出菇期出现的营养不足而影响出菇的情况发生，菇农一定要科学调配基料。实践证明，大多基料配方中缺乏大量的营养元素，尤其是中微量元素的缺失，使得菌丝生长不健壮、抗性下降，污染率、发病率上升。可每250公斤原料中，加入120克食用菌三维营养精素(拌料型)补充营养。培养室、出菇棚要彻底消毒杀菌。
