在棉花生产中，选用同样转基因杂交抗虫棉种种植的农户，有的枯萎病发生严重，有的却未发病或者轻度发病很快就恢复正常生长。这种差别就在施用肥料上，其中未发病的农户就是选用了生物有机肥或者生物有机复合肥或者腐殖酸类有机肥或者钾肥，发病的农户只是单一的选用了化肥。生物有机肥和腐殖酸类有机肥的分解物质中含有抗生素或黄腐酸，能抑制枯萎病菌的入侵，钾元素能提高棉花植株的活性，增强了对枯萎病菌的防御能力，而单施化肥就无防御枯萎病入侵的功能作用。
在油菜生产中，常有花而不实的现象发生，就是只见开花不见结实，减产严重，这不是什么病原菌引起的病害，而是忽视施用硼肥缺乏硼元素导致的生理性障碍。在油菜开花结荚时期，若遇上连绵的阴雨天气，偏施氮肥的油菜，由于长势旺盛，田间荫蔽较大，常会诱发较为严重的菌核病，而施肥合理、通风透光好的油菜，却不发病或者病害轻微。
在蔬菜生产中，不少蔬菜苗期出现花叶、矮化、丛枝、线叶现象，一般为病毒引发的病害，但在基肥中施足锌肥或及时补施锌肥，就会减少或者不发生这种异常长势。当番茄、辣椒发生脐腐病，大白菜、甘蓝发生心腐病，花椰菜叶片边缘发黄变褐枯死，芹菜心叶发黄叶缘焦枯时，共同的原因是因为缺乏钙元素诱发的生理性病害，与病原菌的入侵是没有关系的，但缺钙、缺硫的蔬菜，可能会给细菌性的病害提供乘虚而入的条件。此外，气温和水分因子的变化，也可能引发蔬菜作物生理性病害的发生，如番茄进入“拉十字”期，平均气温低于15℃时，果实可能会发生畸形，产量、品质都会受到影响。又如高温、干旱时，番茄可能会出现芽枯病，只要及时灌水降温就可缓解，勿须施用农药防治病害。
因而，当我们在农业生产上遇到农作物发生病害情况，需要提出指导防治意见时，必须事先作好调查研究，科学准确地鉴别农作物病情，属于病原菌引发的病害，就应对症施用不同农药防治，尽力挽回因病造成的损失。若非病原菌引起的生理病害，就应对症改善生态环境，搞好配方施肥、平衡施肥。
