目前，日本与东南亚各国在各个领域合作密切，当然也包括农业领域。众所周知，日本是一个资源稀缺型国家，这使得日本不得不一方面加强自身的技术发展，另一方面大量开拓外部资源。而东南亚国家的丰富的资源和落后的发展技术恰使双方在合作问题上互有需求。
以越南为例，越日两国十分重视加强农业科技方面合作以提高越南农产品的质量从而进军国际市场。越南国家主席张晋创2014年访问日本时专门参观了茨城县的相关农业设施，并出席了茨城县与越南农业与农村发展部签关于农业领域技术交流与人才培养合作备忘录签署仪式。而日本政府也表示，日本要利用好2015年的“越南农业年”契机，加强与越南在农业领域的各项合作。当然，除了越南外，日本对包括缅甸、泰国等东盟国家合作也十分重视。
日本的农业技术比较先进，这是吸引其与东南亚各国农业合作的重要基础。特别是日本政府对于与东盟很多国家进行的农业合作项目提供政府援助，这也使得不少东盟国家看中与日本在农业合作中的技术合作。日本希望成为包括越南在内的东盟国家农业国际合作新目标，但如果就此认为日本将替代中国和东盟国家合作地位，这是不客观的。
包括越南和泰国在内的不少东南亚国家都是粮食特别是稻米世界出口大国。而作为东盟国家的重要邻国，中国自然而然地成为了东盟国家农产品出口的主要市场。中国愿与东盟签订农产品长期贸易协议，积极扩大从东盟进口在中国有市场有竞争力的商品，力争到2020年双边贸易额达到1万亿美元，今后8年新增双向投资1500亿美元。相比之下，由于日本国内市场有限，使得日本不可能与东南亚国家在农产品贸易上有太大作为。
