农业司在办理建议提案工作时积极主动、认真负责，赢得了代表委员的好评。农业司相关负责人介绍说，农业司在承办建议提案时明确了办理时限，要求承办处室尽早征求部内相关司局和司内有关处室的意见，加快建议提案办理进度，确保建议提案按时完成。在办理过程中，由财政部主办的建议提案，通过电话、座谈、走访等方式联系到代表委员，沟通后再作答复。
《关于解决西南五省小型水源工程建设资金的建议》和《关于落实小型水利工程运行维护经费财政补助政策的建议》的内容紧扣近年来的农田水利发展热点，涉及农田水利工程运行维护和机制创新、小型水源工程建设等诸多内容，涉及面较广，具有一定的代表性。为做好建议答复，农业司制定了答复方案，并由司领导带队，赴合肥市与提出建议的纪冰等代表座谈调研，并根据面谈情况对答复意见进行了修改完善，较好地回应了代表关切，既全面介绍了财政支持农田水利建设的相关政策和投入情况，又针对代表所提问题进行了详细说明。纪冰等代表认为：“财政部切实转变工作作风，深入基层开展调研，答复态度诚恳务实、答复意见精益求精，契合了党的群众路线要求，体现了良好的工作作风。”
农业司在答复建议提案时力争做到全面、准确、有针对性，向代表和委员表明积极态度，提出下一步举措，力争让所有代表和委员对答复意见满意。
《关于给予黑龙江省开展“两大平原”现代农业综合配套改革试验财力性转移支付支持的建议》是人大代表在财政部启动黑龙江“两大平原”涉农资金整合试点的背景下提出的。这项改革试点涉及中央多个部门和黑龙江省，关系到利益格局的调整，沟通协调的难度大。农业司的经办人员与代表进行了耐心细致的沟通，详细解释了相关试点政策，逐一阐述说明。答复函内容简练，体现了农业司与中央多个部门以及黑龙江省反复沟通协商的成果。对于答复，人大代表表示理解和满意，并对财政部的积极工作表示感谢。
《关于改革调整农业补贴政策的提案》针对当前农业补贴政策的落实状况，提出了健全农业补贴法律、优化补贴结构、保证粮食安全等一系列意见和建议，相关内容与农业司近期的研究课题不谋而合，成为其完善相关政策的重要参考。在答复过程中，农业司将对上述问题的初步研究成果向委员进行了汇报，并按照委员要求，简要介绍了WTO有关规定对农业补贴政策的要求和影响。委员表示，财政部的部分观点使他很受启发。
通过办理建议提案，农业司进一步了解和评估了现有财政支农政策实施效果，对于今后完善财政支农政策体系，促进科学民主决策，发挥了重要的积极作用。例如，“关于加强农作物秸秆综合利用转化”“关于农村土地流转”“关于建立湿地生态效益补偿制度”等方面的建议提案都已在2014年开展的相关试点中得到落实。此外，农业司还结合部分代表委员的意见和建议进一步完善了农机购置补贴、农作物良种补贴等财政支农政策。
